Girolamo Balduino nacque a Montesardo nei primi anni del XVI secolo da una famiglia molto ricca. Il padre, Giovanni, appassionato di filosofia e sostenitore delle teorie aristoteliche, lo avviò verso tali studi, che egli approfondì e perfezionò presso l'Università di Padova.

Qui seguì le lezioni di un altro famoso conteranneo, Marcantonio dè Passeri e di Sperone Speroni. In quest'ambiente, fertile ma ricco di contrasti, Balduino formò il suo pensiero vicino alle posizioni d'Averroè, ma sostenuto da forte spirito critico. Egli, infatti, esaminò tutti i componenti più solidi.

Nella tradizione greca e latina sul corpus aristotelico, pur ritenendo superiore la dottrina peripatetica e il Commento averroistico, sostenne che questi si sarebbe dovuto rifiutare se si fosse dimostrato in contrasto col testo aristotelico.

Fu professore di chiara fama nell'Università di Salerno, secondo il Corvaglia, ma voce più attendibile pare essere quella del Papuli che lo vuole, prima, proprio a Padova, dove nel 1528 ottenne le insegne del dottorato, insieme alla cattedra di sofistica. Anzi proprio a Padova potè usufruire del suo insegnamento un altro salentina, Angelo Thio da Morciano di Leuca, e fu proprio questi a pubblicare alcune opere in cui si possono individuare i contenuti dell'insegnamento di Balduino.

Dopo la sua morte, dal convento di San Lorenzo, a Napoli, furono pubblicati molti suoi scritti: altri pubblicati da Vincenzo del Colle, futuro maestro di Giordano Bruno. Gli insegnamenti di Balduino furono contrastati da un altro filosofo salentino e alessanese, Francesco Storella. Tuttavia Balduino è ritenuto uno dei più grandi logici peripatetici vissuti in Italia e, i suoi insegnamenti, furono assimilati da molti pensatori del tardo Rinascimento. Egli era assertore che la logica fosse l'unico strumento attraverso cui l'uomo può acquisire nuove conoscenze.

Nonostante ciò, sia lo Zimara sia Balduino rimasero profondamente ancorati alla metodologia della conoscenza aristotelica; ma l'affinamento del loro pensiero consentì a Galileo di giungere alla convinzione che la vecchia logica era improduttiva e che era necessario adottare il metodo dell'osservazione e della verifica delle ipotesi.

In definitiva il Balduino s'inserisce nel quadro della filosofia rinascimentale ed è ritenuto uno degli "Homines novi" che il pensiero filosofico moderno vanta nei quadri del naturalismo, insieme con Giordano Bruno. Le sue principali opere sono:

– "Quesita tum naturalia, tum logicalia cum additionibus Gometii pagani", Napoli 1550 "Interpretationem in magnam commentationem Averrois", libro n° 1 "De propositione singulari, an ingrediatur Syllogsmum, adversus logicastrum morologios", Napoli 1856 "De regressa demonstrativo Quaesitum", Napoli 1857"Quaesita no novum pulcherrimum ac optatissimum contra Scotum", Napoli 1857 "Quaesita duo logicalia, qui liber sit primus in Logica", Napoli 1861 "Quaesita logicalia: videlicet de ejus utilitate, et necessitate", Napoli 1861 "Exposito in libellum, Porphyrii", Napoli 1869

– "Exposito aurea in libr. aliquot Physicor. Aristotelis et Averrois super eisden Commentionem" (di questa ultima opera la data in cui è stata scritta è sconosciuta)